身分証明書の現物を見せたり、送付するのではなく、コピーしたものを本物のコピーに違いないと証明する権限のある人に証明してもらって、それを送ることがあります。そのように証明してもらった身分証明書のコピーを指しているのでしょう。

リンク先はニュージーランドの税務署のウェブサイトですが、海外在住者が納税者番号を申請する際に必要な身分証明書類として、”at least 2 forms of certified identification documentation, including at least one photo ID such as a passport. Other forms of ID may include a document confirming your Tax Identification Number (TIN) from your country of residence and/or personal identification number from your country of residence.” と記載されています。パスポートの現物などを送る人はいないので、本物のコピーに違いないと証明する資格のある人に証明してもらったコピー(certified copy)を送るように言っています。
https://www.ird.govt.nz/topics/proof-of-identity

↓オーストラリアの日本人弁護士による certified copy の説明
https://kklaw.com.au/archives/certified-copy.html