Glossary entry (derived from question below)
English term or phrase:
accessory genome
Russian translation:
вариабельный геном
Added to glossary by
Natalie
Oct 25, 2015 06:51
8 yrs ago
English term
Russian Federation
Native Russian speaker
Native in: Russian 
Works in: Russian to English, English to Russian
accessory genome
English to Russian
Science
Genetics
phylogenetics
From "Horizontal gene transfer: building the web of life" by Soucy et al., 2015:
http://www.nature.com/nrg/journal/v16/n8/full/nrg3962.html
======================================
The comparison of genomes from closely related organisms has identified large variation in gene content within a single species, especially in prokaryotic species. This variation in genome content reflects the ongoing process of gene gain and loss. Pan-genomes have been useful for studying the evolution of gene content in both prokaryotic species and genera. The pan-genome is defined as the set of all genes present in a taxon; the accessory genome contains genes that are present in only one or a few members of the taxon; and the core genome is the set of genes present in every member of the taxon.
http://www.nature.com/nrg/journal/v16/n8/full/nrg3962.html
======================================
The comparison of genomes from closely related organisms has identified large variation in gene content within a single species, especially in prokaryotic species. This variation in genome content reflects the ongoing process of gene gain and loss. Pan-genomes have been useful for studying the evolution of gene content in both prokaryotic species and genera. The pan-genome is defined as the set of all genes present in a taxon; the accessory genome contains genes that are present in only one or a few members of the taxon; and the core genome is the set of genes present in every member of the taxon.
Proposed translations
(Russian)
| 4 | геном периферии |
Erzsébet Czopyk
|
| 4 | необязательный/вариабельный/мобильный/пластичный геном |
Natalie
|
Change log
Oct 30, 2015 07:31: Erzsébet Czopyk Created KOG entry
Oct 30, 2015 10:06: Natalie changed "Edited KOG entry" from "<a href="/profile/122736">Erzsébet Czopyk's</a> old entry - "accessory genome"" to ""вариабельный геном / геном периферии""
Proposed translations
1 hr
Erzsébet Czopyk
Hungary
Hungary
Hungary
sworn translator, linguist, DPO
Native in: Hungarian (Variant: Hungary) 
Works in: Russian to Hungarian, Hungarian to Russian, Latvian to Russian, and 10 more.
Related KudoZ points
:
16
Selected
геном периферии
филогенетика
Начиная с 60-х гг. ХХ столетия в филогенетике всё большее значение приобретает изучение молекулярных структур. Получение технического доступа к первичной структуре информационных макромолекул и возможность сравнения организмов по этим последовательностям было расценено как «молекулярная революция» в филогенетике. Она породила молекулярную филогенетику, в котором заключения о кладистической истории выводятся на основании анализа исключительно молекулярных данных. Её новейший этап развития — генофилетика (иногда её называют филогеномикой) — раздел новой филогенетики, связанный с изучением нуклеотидных последовательностей.
http://zmmu.msu.ru/personal/pavlinov/doc/phyl-biol.htm
вспомогательныe геномы содержaт гены, которые присутствуют только в одном или нескольких членов таксона
Пан-геном. (совокупность всех генов бактериального вида).
Для описания генома вида на основании геномных последовательностей его штаммов была предложена концепция пангенома [3, 4]. В этой концепции пангеном – это суммарный набор генов всех штаммов одного бактериального вида (рода).
http://itas2012.iitp.ru/pdf/02.pdf
Пангеном разделяется на три части:
универсальный геном (гены, которые встречаются во всех штаммах таксона)
The pan-genome is defined as the set of all genes present in a taxon,
геном периферии (состоит из генов, которые отсутствуют в одном или более штаммах)
the accessory genome contains genes that are present in only one or a few members of the taxon
и
уникальные (штамм-специфичные) гены [1,3].
and the core genome is the set of genes present in every member of the taxon.
--------------------------------------------------
Note added at 1 hr (2015-10-25 08:06:36 GMT)
--------------------------------------------------
Chitala-iskala pochti chas, ocheny interesno bilo :)
Эволюция бактериальных пангеномов
Е.Н.Гордиенко
Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН, Москва, Россия
[email protected]
--------------------------------------------------
Note added at 2 hrs (2015-10-25 09:22:18 GMT)
--------------------------------------------------
I hope the little owl could help you :) have a nice weekend
--------------------------------------------------
Note added at 3 hrs (2015-10-25 10:36:35 GMT)
--------------------------------------------------
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15990697
The pangenome concept: a unifying view of genetic information.
http://www.medscimonit.com/download/index/idArt/16885
--------------------------------------------------
Note added at 5 days (2015-10-30 07:32:07 GMT) Post-grading
--------------------------------------------------
Спасибо!
Начиная с 60-х гг. ХХ столетия в филогенетике всё большее значение приобретает изучение молекулярных структур. Получение технического доступа к первичной структуре информационных макромолекул и возможность сравнения организмов по этим последовательностям было расценено как «молекулярная революция» в филогенетике. Она породила молекулярную филогенетику, в котором заключения о кладистической истории выводятся на основании анализа исключительно молекулярных данных. Её новейший этап развития — генофилетика (иногда её называют филогеномикой) — раздел новой филогенетики, связанный с изучением нуклеотидных последовательностей.
http://zmmu.msu.ru/personal/pavlinov/doc/phyl-biol.htm
вспомогательныe геномы содержaт гены, которые присутствуют только в одном или нескольких членов таксона
Пан-геном. (совокупность всех генов бактериального вида).
Для описания генома вида на основании геномных последовательностей его штаммов была предложена концепция пангенома [3, 4]. В этой концепции пангеном – это суммарный набор генов всех штаммов одного бактериального вида (рода).
http://itas2012.iitp.ru/pdf/02.pdf
Пангеном разделяется на три части:
универсальный геном (гены, которые встречаются во всех штаммах таксона)
The pan-genome is defined as the set of all genes present in a taxon,
геном периферии (состоит из генов, которые отсутствуют в одном или более штаммах)
the accessory genome contains genes that are present in only one or a few members of the taxon
и
уникальные (штамм-специфичные) гены [1,3].
and the core genome is the set of genes present in every member of the taxon.
--------------------------------------------------
Note added at 1 hr (2015-10-25 08:06:36 GMT)
--------------------------------------------------
Chitala-iskala pochti chas, ocheny interesno bilo :)
Эволюция бактериальных пангеномов
Е.Н.Гордиенко
Институт общей генетики им. Н.И.Вавилова РАН, Москва, Россия
[email protected]
--------------------------------------------------
Note added at 2 hrs (2015-10-25 09:22:18 GMT)
--------------------------------------------------
I hope the little owl could help you :) have a nice weekend
--------------------------------------------------
Note added at 3 hrs (2015-10-25 10:36:35 GMT)
--------------------------------------------------
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15990697
The pangenome concept: a unifying view of genetic information.
http://www.medscimonit.com/download/index/idArt/16885
--------------------------------------------------
Note added at 5 days (2015-10-30 07:32:07 GMT) Post-grading
--------------------------------------------------
Спасибо!
Note from asker:
| Thank you, Erzsébet! |
4 KudoZ points awarded for this answer.
Comment: "Спасибо! Может быть, "вариабельный" и вернее, но мне понравился "геном периферии". (0:"
3 hrs
необязательный/вариабельный/мобильный/пластичный геном
Я бы предпочла "вариабельный".
Любой из этих синонимов будет в тыщу раз лучше крайне неудачно выбранного в цитируемой выше статье термина "геном периферии" (честное слово, не представляю, чем руководствовался автор статьи при выборе такого термина). Периферия вообще не может иметь никакого генома, т.к. периферия - не живое существо, а край, окраина чего-либо. Полагаю, автор стремился продемонстрировать, что это антоним к "core", т.е. "основной геном", но в таком случае следовало бы написать "периферический".
Вот английское определение, из которого хорошо понятна суть:
_______________________________________
The pangenome is the entire gene set of all strains of a species. It includes both: genes present in all strains (core genome) and genes present only in some strains of a species (variable genome).
Core genome: includes the genes present across all strains of a species. It typically includes housekeeping genes for cell envelope or regulatory functions.
Accessory genome: (also: variable, flexible, dispensable genome) refers to genes not present in all strains of a species. These include genes present in two or more strains and genes unique to single strains, for example, genes for strain specific adaptation such as antibiotic resistance.
http://www.metagenomics.wiki/pdf/definition/pangenome
_______________________________________
--------------------------------------------------
Note added at 5 days (2015-10-30 10:07:25 GMT) Post-grading
--------------------------------------------------
Только, пожалуйста, НЕ ПИШИТЕ "геном периферии"! Это нечто совершенно непонятное, периферия - это "окраина", а окраина не может иметь генома!
Любой из этих синонимов будет в тыщу раз лучше крайне неудачно выбранного в цитируемой выше статье термина "геном периферии" (честное слово, не представляю, чем руководствовался автор статьи при выборе такого термина). Периферия вообще не может иметь никакого генома, т.к. периферия - не живое существо, а край, окраина чего-либо. Полагаю, автор стремился продемонстрировать, что это антоним к "core", т.е. "основной геном", но в таком случае следовало бы написать "периферический".
Вот английское определение, из которого хорошо понятна суть:
_______________________________________
The pangenome is the entire gene set of all strains of a species. It includes both: genes present in all strains (core genome) and genes present only in some strains of a species (variable genome).
Core genome: includes the genes present across all strains of a species. It typically includes housekeeping genes for cell envelope or regulatory functions.
Accessory genome: (also: variable, flexible, dispensable genome) refers to genes not present in all strains of a species. These include genes present in two or more strains and genes unique to single strains, for example, genes for strain specific adaptation such as antibiotic resistance.
http://www.metagenomics.wiki/pdf/definition/pangenome
_______________________________________
--------------------------------------------------
Note added at 5 days (2015-10-30 10:07:25 GMT) Post-grading
--------------------------------------------------
Только, пожалуйста, НЕ ПИШИТЕ "геном периферии"! Это нечто совершенно непонятное, периферия - это "окраина", а окраина не может иметь генома!
Note from asker:
| Спасибо за Ваши варианты, Natalie! |
| "Только, пожалуйста, НЕ ПИШИТЕ" - Хорошо, не буду. |
Something went wrong...