Es decir, dos posibilidades para traducir 'anti-PT' en esta frase:
- anticuerpos dirigidos contra la toxina pertúsica (anti-TP)
- inmunoglobulinas dirigidas contra la toxina pertúsica (anti-TP)

El prefijo 'anti-' de la expresión 'anti-PT', junto con el adjetivo 'seroepidemiological' y el sustantivo 'serology', indican que en esta frase están hablando de anticuerpos, dirigidos probablemente contra la toxina pertúsica (si, como ya han dicho los colegas, PT = pertussis toxin).

Para confirmarlo basta con remitirse a la fuente original, es decir, al artículo de Hallander y col. citado en la frase que copiaste:

http://www.ingentaconnect.com/content/mksg/apm/2009/00000117...

Como se explica en el resumen de este artículo, los autores utilizaron 'anti-TP' como abreviatura de 'IgG anti-pertussis toxin'. Por lo tanto, para que quede claro lo que se quiere decir, hay que utilizar la expresión completa, al menos la primera vez que aparece, tal como se hizo en el original. Después se puede emplear la abreviatura (anticuerpos anti-TP), siempre y cuando se haya indicado entre paréntesis la primera vez.

Aunque por influencia del inglés la expresión "toxina pertussis" está muy difundida, lo correcto desde el punto de vista gramatical es "toxina pertúsica" (expresión formada de la misma manera que "toxina tetánICA" o "toxina botulínICA). En efecto, en 'pertussis toxine', 'pertussis' tiene función adjetival; en castellano, el adjetivo derivado de la palabra latina 'pertussis' (el nombre de la especie de bacterias del género Bordetella responsables de la tos ferina) es "pertúsico".

Cinco ejemplos de uso de la expresión "toxina pertúsica":

http://www.biomedicas.unam.mx/congresocart/memorias/resuinm....
http://www.uam.es/personal_pdi/ciencias/fhperez/neuropeptido...
http://scielo.isciii.es/scielo.php?pid=S1135-572720020004000...
http://www.conicet.gov.ar/scp/vista_resumen.php?produccion=1...
http://revistainvestigaciones.funandi.edu.co/archivosEditor/...

En la frase que copiaste, el segundo 'anti-TP' se refiere a todas luces a concentraciones de anticuerpos contra la toxina pertúsica.

Por lo tanto, yo traduciría la farse en cuestión de la siguiente manera:

"La cinética de los anticuerpos dirigidos contra la toxina pertúsica (anti-TP) es esencial para poder interpretar datos seroepidemiológicos, pero permite difícilmente definir valores límites/umbral válidos de la concentración de anticuerpos anti-TP en pruebas serológicas realizadas con una sola muestra."

(O "La cinética de las inmunoglobulinas dirigidas contra la toxina pertúsica...")

Creo que con lo dicho respondo a tu pregunta: 'pertussis' no se refiere en este caso a la enfermedad (tos ferina, tos convulsa), sino al microorganismo causal (Bordetella pertussis), o más precisamente, a la toxina producida por dicha bacteria.

Saludos cordiales.

María Claudia